Só para deixar bem claro, que esse tutorial será feito a partir de programas que eu uso.
PRIMEIRA PARTE
passo 1: baixar o Atube Catcher. Atube é um programa que baixa videos do YOUTUBE (entre outros sites).
passo 2: baixar o VLC media player. VLC tira fotos das cenas que você vai querer usar no GIF.
passo 3: baixar Photoshop CS(2 -3 - 4 - 5). O Photoshop é o programa que cria o GIF.
SEGUNDA PARTE
passo 1: Abra o Atube Catcher.
passo 2: Vá no YOUTUBE, e escolha o vídeo que quer, e copie o URL.
passo 3: Vá no Atube, e ponha o link em URL, e depois aperte BAIXAR.
passo 4: Em seguida, vá na sua pasta de vídeos, que lá você o encontra-rá.
TERCEIRA PARTE
passo 1: Abra o VLC.
- Configuração
Vá em Tools -> Preferences -> Hotkeys -> SEARCH: Take video snapshot
Quando você o achar, clique nele, e em seguida em APPLY, e por fim, SAVE.
- Configuração
Vá em Tools -> Preferences -> Video -> Directory -> E escolha onde você quer que seus Sreens fiquem. (Browse…)
E em Prefix, você denomina como você quiser, a cada video que você fizer, você pode mudar o nome. 
passo 2: Vá em Media - Open File - VIDEOS (selecione o vídeo que você baixou no Atube) - ABRIR.
passo 3: Quando você encontrar a cena que você quer fazer o gif, volte alguns segundos (para não faltar nenhuma cena), de pause, posicione o seu dedo no botão SHIFT, e de play, e aperte SHIFT + S até onde você quiser. Não é necessário soltar o botão.
passo 4: Vá na pasta onde você decidiu salvar os seus Screens, e veja se você conseguiu a cena que você queria, senão repita o passo 3.
QUARTA PARTE
passo 1: Abra o Photoshop, eu utilizarei o CS5.
passo 2: Vá em FILE - OPEN, e vá na pasta onde você escolheu salvar seus screens, e os selecione.
- Aberto os screens, retire o primeiro screen da barra onde ficam, o meu primeiro por exemplo é o ”Amanhecer00059”
- Agora vá no segundo (00060) screen - layers e arreste o ”background” para o screen 1 (00059).
Faça isso sucessivamente, (o segundo screen - layers, background arraste para o screen 1) …
passo 3: Vá em HISTORY, e provavelmente estará assim, com mais ou menas layers.
passo 4: Agora clique em WINDOW - ANIMATION, irá surgir uma janela como essa.
- Na janela que surgiu, você pode ver que acima da foto tem o numero 1, esse numero equivale a camada.
Então vai ser assim, se tem 8 layers vai ter 9 camadas
Se tem 7 layers vai ter 8 camadas, entendido?
E como fazer para ter mais que uma camada.
É só clicar no botão dentro da janelinha, nesse:
e o meu por exemplo, ficará assim:
passo 5: Agora vá em Layers, clique na camada 1, e desmarque todos os olhos, deixando apenas o do Background.
Agora clique na camada 2 e marque o olho do Layers 1
Clique na camada 3 e marque o olho do Layers 2
Clique na camada 4 e marque o olho do Layers 3
Faça isso sucessivamente
passo 6: Clique nesse ícone da janela de animação e selecione Select All Frames.
Ai você seleciona o tempo, assim:
Para você saber se o tempo que você escolher ta bom, aperte o botão play que está marcado ali em cima, e deixe FOREVER, caso você queira que o gif nunca pare.
QUINTA PARTE
passo 1: Baixar um PSD, você os encontra na busca de tags do tumblr.
- depois de ter baixado o seu PSD o abra no photoshop, normalmente, como uma foto.
Depois você vera em Layers que ele estará provavelmente assim: 
passo 2: Em layers tem um parte marcada (é uma pasta), arraste esse layer para o gif:
Pronto, agora o seu gif já tem efeito, você pode modificar algumas coisas no resultado clicando na pasta e tirando o olho das coisas que você não quer:
E sempre deixe a pasta sobre todos os Layers.
Agora está quase acabando
passo 3: Vá em File - Save for Web & Devices…
Depois de ter conseguido alcançar 500k, é só salvar e pronto.
Olhem o meu resultado
Espero ter ajudado.
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Para quem quer pedir mais tutorial: vá na minha ask.
Por Debs.